Nella topografia regionale dei loca sororum l'insediamento di Civita Castellana è collocato dalle fonti storiche tra i primi della provincia romana, anche se non è possibile allo stato attuale delle conoscenze, data l'estrema sinteticità del dato, una verifica puntuale e circostanziata.
Un primitivo nucleo di clarisse risulterebbe presente tra il 1222 e il 1228 nel territorio di Acquaviva, un insediamento sviluppatosi in epoca romana sulla via Flaminia a qualche chilometro dall'attuale centro abitato; segnata negli itinerari tardoantichi, fu sede episcopale nel V secolo, andando poi incontro ad un inarrestabile declino. Dovrebbe tuttavia essersi trattato di un'esperienza breve, di una fondazione che si esaurì nel breve volgere di una generazione, senza ulteriori sviluppi, dato che la notizia rimane isolata senza più riscontri nei secoli successivi.
Più consistenti sono, invece, le notizie relative alla fondazione del monastero suburbano, avvenuta nella metà del XVI secolo, come possiamo desumere da una cronaca cittadina: Nell'anno 1548 del mese di Settembre si diede felice principio ad abitare dalle Sacre vergini il nuovo Monastero di S.Maria delle Grazie dell'ordine di S.Chiara, essendo state mandate dal Monastero di S. Cosimato di Roma Filippa di Città di Castello, Placida di Sermoneta, Agnese et Angela Petronie nostre cittadine santissime et espertissime monache, acciò insegnassero alle nostre novizie la legge del Signore. A dare immediato lustro al monastero fu la nobildonna Girolama Santacroce, vedova Orsini, che prese il velo della consacrazione insieme ad altre quattro sue nipoti e con tante altre sante donne condusse vita esemplare.

La storia del Monastero di S. Maria delle Grazie trascorre serena per lunghi secoli ma si conclude, purtroppo,  in epoca moderna, con la conquista dello Stato Pontificio da parte dell'esercito sabaudo e con l'indemaniazione dei beni appartenenti all'asse ecclesiastico. Il fabbricato destinato secondo le intenzioni dell'Amministrazione Comunale, ad ospitare una caserma militare, fu negli anni '30 di questo secolo ampliato e trasformato in ospedale cittadino, che ancora oggi funziona regolarmente.

Suor Michelina Torregiani, che alla veneranda età di 96 anni ricopriva la carica di abbadessa, e le 9 suore superstiti  furono costrette a lasciare in fretta il Monastero e trovarono provvisoria sistemazione in un'ala di palazzo del centro abitato. Nel 1902 la nuova abbadessa la belga Maria Gertrude Hendrix, donna decisa e dinamica dotata di profonda spiritualità, senza lasciarsi scoraggiare dalle difficoltà, avendo ricevuto in enfiteusi la Chiesa di S.Maria del Carmine ed il terreno adiacente,  edificò a lato della Chiesa l'attuale monastero. Non soddisfatta di aver realizzato per le consorelle la nuova sede, nel 1912, cioè due anni prima della sua morte, attraverso una finta cessione alla duchessa austriaca Eleonora Orsola D'Aremberg, fece in modo che dinanzi al governo italiano risultasse proprietaria dello stabile con tutte le adiacenze e pertinenze una cittadina straniera, eliminando il rischio di altri eventuali incameramenti o requisizioni, come, grazie a questo sotterfugio, si evitò che accadesse durante la prima guerra mondiale.

Nei decenni successivi il numero delle sorelle andò sempre più diminuendo anche se documenti d'archivio testimoniano l'entrata in Monastero di numerose giovani.                                     
Nel 1992 in aiuto alla comunità composta di  quattro sorelle molto anziane, il Vescovo Mons.Divo Zadi ha accolto altrettante sorelle provenienti dal monastero di S. Maria delle Grazie di Farnese (Vt) per proseguire il cammino della fraternità nella fedeltà al radicalismo evangelico ed edificare un'autentica comunità d'amore nel servizio reciproco.

Nel 1995  sono iniziati  i lavori di restauro per la necessaria realizzazione degli impianti  ed il
recupero delle originarie strutture del Monastero con la realizzazione del Coro, della cucina, del refettorio, della dispensa, della lavanderia. Tali lavori sono poi proseguiti nel 1997 con l'esecuzione del chiostro e di una struttura ricettiva  che ci offre oggi la possibilità di svolgere un servizio di accoglienza, che insieme alla preghiera, all'ascolto della Parola, al lavoro riteniamo essere parte integrante del carisma francescano-clariano. La nostra foresteria mette a disposizione di tutti gli ospiti ambienti accoglienti arredati in francescana semplicità e soprattutto la Chiesa vero gioiello di arte, di storia e di spiritualità.